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基于AFLP分子标记和DNA条形码对无籽刺梨的鉴定

李旦 周安佩 张德国 高健 何承忠 李永和

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基于AFLP分子标记和DNA条形码对无籽刺梨的鉴定

  • 基金项目:

    国家自然科学基金项目(31360156)、云南省科技厅项目(2008PY021)、西南林业大学校级科研启动基金资助项目

  • 中图分类号: S718.46

Identification of Rosa sterilis Based on AFLP Molecular Markers and DNA Barcodes

  • CLC number: S718.46

  • 摘要: 利用AFLP分子标记和DNA条形码技术,对采自贵州省兴仁县和贵州省安顺市的刺梨、无籽刺梨和光枝无籽刺梨共19份样本材料进行鉴定。结果表明:AFLP标记分析19个样本间的遗传相似系数在0.719 0 0.997 2之间,平均相似系数为0.936 5。采用UPGMA 法进行聚类分析,将19个样本聚类为2组,刺梨为单独1组,其他18份样本为1组。DNA条形码分析结果显示ITS无变异位点,将4种叶绿体序列片段(psbA-trnH、atpF-atpH、psbI-psbK、trnL-F)合并后以联合序列作为数据分析的基础,19份样本的平均误差为0.000 6,除刺梨外,其他18份样本之间的遗传距离均为0,而刺梨与无籽刺梨、光枝无籽刺梨之间的遗传距离均为0.005 8。两种方法的鉴定结果一致,无籽刺梨与刺梨是独立的2个种,兴仁县无籽刺梨与安顺市的光枝无籽刺梨为同一个种。本研究结果明确了无籽刺梨的系统地位,从分子水平和基因水平上解决无籽刺梨的分类分歧,为今后开展无籽刺梨种质资源的收集、保存、开发和应用等奠定了理论基础。
  • [1] 时圣德. 贵州蔷薇属植物新分类群[J]. 贵州科学, 1985, 9(1): 8-9.

    [2] 付慧晓, 王道平, 黄丽荣, 等. 刺梨和无籽刺梨挥发性香气成分分析[J]. 精细化工, 2012, 29(9): 875-878.

    [3] 邓朝义, 方仕能, 黄 勇. 贵州特有种子植物无子刺梨形态特征研究及分类学订正[J]. 种子, 2009, 28(9): 62-68.

    [4] 韦景枫, 钟 漫, 程友忠, 等. 无籽刺梨试管苗移栽及其影响因素的探讨[J]. 中国林副特产, 2010, 104(6): 30-31.

    [5] 季祥彪, 李淑久. 贵州4种刺梨的比较形态解剖学研究[J]. 山地农业生物学报, 1998, 1(1): 28-33.

    [6] 文晓鹏, 庞晓明, 邓秀新. 刺梨及部分近缘种的形态学形状及RAPD 标记分析[J]. 园艺学报, 2003, 30 (2): 204-206.

    [7] 安明态, 程友忠, 钟 漫, 等. 贵州蔷薇属一新变种--光枝无子刺梨[J]. 种子, 2009, 28(1): 6.

    [8] 纵 丹, 员 涛, 周安佩, 等. 滇杨优树遗传多样性的 AFLP 分析[J]. 西北林学院学报, 2014, 29(4): 103-108.

    [9]

    Tautz D, Arctander P, Minelli A, et al. DNA points the way ahead in taxonomy[J]. Nature, 2002, 418: 479.
    [10]

    Hebert P D N, Cywinska A, Ball S L. Biological identifications through DNA barcodes[J]. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 2003, 270: 313-321.
    [11]

    Liu J, Shi L, Han J, et al. Identification of species in the angiosperm family Apiaceae using DNA barcodes[J]. Molecular Ecology Resources, 2014 Apr 16. doi: 10.1111/1755-0998.12262.
    [12]

    Weitschek E, Fiscon G, Felici G. Supervised DNA barcodes species classification: analysis, comparisons and results[J]. BioData Mining, 2014 Apr 11, 7(1):4. doi: 10.1186/1756-0381-7-4.
    [13]

    Li X, Yang Y, Henry R J, et al. Plant DNA barcoding: from gene to genome[J]. Biological Reviews, 2014 Mar 26, doi: 10.1111/brv.12104.
    [14]

    Vos P, Hogers R, Bleeker M, et al. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting[J]. Nucleic acids research, 1995, 23(21): 4407-4414.
    [15]

    Tixier M H, Sourdille P, Rder M, et al. Detection of wheat microsatellites using a non radioactive silver-nitrate staining method[J]. Journal of Genetics and Breeding, 1997, 51(2): 175-178.
    [16] 张富民, 葛 颂. 群体遗传学研究中的数据处理方法I. RAPD 数据的 AMOVA分析[J]. 生物多样性, 2002, 10(4): 438-444.

    [17]

    Yeh F, Yang R C, Boyle T. POPGENE. A User-friendly Shareware for Population Genetic Analysis [M]. Edmonton: Molecular and Biotechnology Center, University of Alberta, 1997.
    [18]

    Thompson J D, Gibson T J, Plewniak F, et al. The CLUSTAL X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools[J]. Nucleic acids research, 1997, 25(24): 4876-4882.
    [19]

    Swofford D L.. PAUP* 4.0: Phylogenetic analysis using parsimony and other methods. Beta version 4.0 b10[M]. Sunderland: Sinauer Associates. 2002.
    [20]

    Kimura M. Estimation of evolutionary distances between homologous nucleotide sequences[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 1981, 78(1): 454-458.
    [21]

    Kumar S, Tamura K, Nei M, et al. MEGA: molecular evolutionary genetics analysis, version 1.02[J]. Systematic Biology, 1995, 44(4): 576-577.
    [22]

    Lahaye R, Bank M V D, Bogarin D, et al. DNA barcoding the floras of biodiversity hotspots[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2008, 105(8): 2923-2928.
    [23]

    Lahaye R, Savolainen V, Duthoit S, et al. A test of psbK-psbI and atpF-atpH as potential plant DNA barcodes using the flora of the Kruger National Park as a model system (South Africa)[J]. Nature Precedings, 2008: 1-21.
    [24]

    Taberlet P, Gielly L, Pautou G, et al. Universal primers for amplification of three non-coding regions of chloroplast DNA[J]. Plant Molecular Biology, 1991, 17(5): 1105-1109.
    [25]

    White T J, Bruns T, Lee S, et al. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: Innis M A eds., PCR protocols: a guide to methods and applications[M]. New York: Academic Press, 1990, 315-322.
    [26] 黄建安, 李家贤, 黄意欢, 等. 茶树品种资源遗传多样性的AFLP研究[J]. 园艺学报, 2006, 33(2): 317-322.

    [27] 赵 琴, 刘 君, 杨志民. AFLP 分子标记对 9 份狗牙根材料的鉴定分析[J]. 草地学报, 2012, 20(6): 1156-1162.

    [28] 鲁凤娟. 利用 AFLP 分子标记鉴定库尔勒香梨的分类地位[J]. 江苏农业科学, 2010 (3): 40-41.

    [29] 唐先华, 张晓艳. 睡莲类植物 ITS nrDNA 序列的分子系统发育分析[J]. 地球科学: 中国地质大学学报, 2003, 28(1): 97-101.

    [30] 王晓锋, 刘娜娜, 季孔庶. 黄杨属植物 ITS 序列分子进化特点分析[J]. 分子植物育种, 2011, 9(4): 506-513.

    [31]

    Lahaye R, Van der Bank M, Bogarin D, et al. DNA barcoding the floras of biodiversity hotspots[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2008, 105 (8): 2923-2928.
    [32]

    Yang H Q, Dong Y R, Gu Z J, et al. A Preliminary Assessment of mat K, rbc L and trn H-psb A as DNA Barcodes for Calamus (Arecaceae) Species in China with a Note on ITS [C]//Annales Botanici Fennici. Finnish Zoological and Botanical Publishing Board, 2012, 49(5): 319-330.
    [33] 宁淑萍, 颜海飞, 郝 刚, 等. 植物 DNA 条形码研究进展[J]. 生物多样性, 2008, 16(5): 417-425.

    [34]

    Liu J I E, Moeller M, GAO L M, et al. DNA barcoding for the discrimination of Eurasian yews (Taxus L., Taxaceae) and the discovery of cryptic species[J]. Molecular Ecology Resources, 2011, 11(1): 89-100.
    [35]

    Zhang W, Fan X H, Zhu S F, et al. Species-specific identification from incomplete sampling: applying DNA barcodes to monitoring invasive solanum plants[J]. PloS One, 2013, 8(2): e55927.
  • [1] 程建武刘碧荣 . 刺梨白粉病的发生发展及其防治试验. 林业科学研究, 1992, 5(1): 104-108.
    [2] . 河北和山东冬枣果实品质评价及AFLP分子标记的研究. 林业科学研究, 2009, 22(1): -.
    [3] 尹立伟池玉杰王雪童 . 灰树花的系统发育分析和主要木质素降解酶的测定. 林业科学研究, 2010, 23(4): 574-580.
    [4] 李珊珊曾艳飞何彩云张建国 . 基于沙棘转录组序列开发EST-SSR分子标记. 林业科学研究, 2017, 30(1): 69-74. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2017.01.0010
    [5] 莫文娟李少锋邱乾栋孙长忠汤志敏乔杰杜红岩傅建敏 . 基于cpDNA rps16序列分析兰考泡桐与白花泡桐和毛泡桐的遗传关系. 林业科学研究, 2016, 29(3): 377-382.
    [6] 崔博文范付华丁贵杰杨章旗文晓鹏 . 基于马尾松反转录转座子序列的IRAP分子标记开发及应用. 林业科学研究, 2016, 29(3): 348-353.
    [7] 杨璞陈晓鸣李萌文灿 . 白蜡虫阔柄跳小蜂体内Wolbachia的wsp基因分子检测及序列分析. 林业科学研究, 2010, 23(6): 823-827.
    [8] 杨璞朱家颖谢正华李萌陈晓鸣陈晓庆 . 一种新的白蜡虫寄生蜂体内Wolbachia的wsp基因分子检测及序列分析. 林业科学研究, 2011, 24(3): 340-344.
    [9] 侯晓晖陈祥盛 . 利用16S rDNA基因序列进行害竹飞虱(半翅目:飞虱科)的分子鉴定. 林业科学研究, 2013, 26(1): 65-69.
    [10] 刘攀峰杜红岩乌云塔娜杜兰英孙志强 . 杜仲HDR基因全长cDNA克隆与序列分析. 林业科学研究, 2013, 26(4): 447-453.
    [11] 陈鸿鹏朱凤云吴志华谢耀坚 . 赤桉GAPDH家族基因的克隆及其序列分析. 林业科学研究, 2014, 27(1): 120-127.
    [12] 孙涛王雪庆赵遵岭于淑慧陈晓鸣刘魏魏亓倩杨璞 . 白蜡虫热激蛋白序列分析. 林业科学研究, 2016, 29(5): 778-783.
    [13] 李虹卢孟柱蒋湘宁 . 表达序列标签(EST)分析及其在林木研究中的应用. 林业科学研究, 2004, 17(6): 804-809.
    [14] 程水源杜何为许锋陈昆松 . 银杏苯丙氨酸解氨酶基因的克隆和序列分析. 林业科学研究, 2005, 18(5): 573-577.
    [15] 梁其伟李天生 . 0-1时间序列分析及其在害虫预测中的应用. 林业科学研究, 1991, 4(3): 337-339.
    [16] 周繇 . 长白山区珍稀濒危植物优先保护序列的研究. 林业科学研究, 2006, 19(6): 740-749.
    [17] 崔丽莉杨汉奇杨宇明 . 版纳龙竹CONSTANS同源基因的克隆与序列分析. 林业科学研究, 2010, 23(1): 1-5.
    [18] 杨璞陈晓鸣朱家颖丁伟峰刘魏魏 . 白蜡虫β1-微管蛋白基因cDNA克隆及序列分析. 林业科学研究, 2011, 24(4): 423-427.
    [19] 彭玉红焦如珍牟新涛 . 尖峰岭抗逆性根瘤菌的筛选及其16SrDNA序列的测定. 林业科学研究, 2010, 23(4): 530-536.
    [20] 李文娟马宏李正红万友名刘秀贤周翠丽 . 基于芭蕉属EST序列的地涌金莲SSR引物开发. 林业科学研究, 2012, 25(2): 111-116.
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出版历程
  • 收稿日期:  2014-07-21

基于AFLP分子标记和DNA条形码对无籽刺梨的鉴定

  • 1. 西南林业大学, 云南 昆明 650224
  • 2. 云南生物多样性研究院, 云南 昆明 650224
  • 3. 贵州兴仁县石漠化综合治理领导小组办公室, 贵州 兴仁 562300
基金项目:  国家自然科学基金项目(31360156)、云南省科技厅项目(2008PY021)、西南林业大学校级科研启动基金资助项目

摘要: 利用AFLP分子标记和DNA条形码技术,对采自贵州省兴仁县和贵州省安顺市的刺梨、无籽刺梨和光枝无籽刺梨共19份样本材料进行鉴定。结果表明:AFLP标记分析19个样本间的遗传相似系数在0.719 0 0.997 2之间,平均相似系数为0.936 5。采用UPGMA 法进行聚类分析,将19个样本聚类为2组,刺梨为单独1组,其他18份样本为1组。DNA条形码分析结果显示ITS无变异位点,将4种叶绿体序列片段(psbA-trnH、atpF-atpH、psbI-psbK、trnL-F)合并后以联合序列作为数据分析的基础,19份样本的平均误差为0.000 6,除刺梨外,其他18份样本之间的遗传距离均为0,而刺梨与无籽刺梨、光枝无籽刺梨之间的遗传距离均为0.005 8。两种方法的鉴定结果一致,无籽刺梨与刺梨是独立的2个种,兴仁县无籽刺梨与安顺市的光枝无籽刺梨为同一个种。本研究结果明确了无籽刺梨的系统地位,从分子水平和基因水平上解决无籽刺梨的分类分歧,为今后开展无籽刺梨种质资源的收集、保存、开发和应用等奠定了理论基础。

English Abstract

参考文献 (35)

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