基于马尾松反转录转座子序列的IRAP分子标记开发及应用

崔博文; 范付华; 丁贵杰; 杨章旗; 文晓鹏

基于马尾松反转录转座子序列的IRAP分子标记开发及应用

1.
贵州大学农业生物工程研究院生命科学院山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室, 贵州贵阳 550025
2.
贵州大学贵州省森林资源与环境研究中心, 贵州贵阳 550025
3.
广西林科院, 广西南宁 530000
基金项目:
贵州省重大专项(20126011-1)和863计划(2011AA10020301)
中图分类号: S791.248

Development of IRAP Markers Based on Genomic LTR Retrotransposon Sequences in Masson Pine (Pinus massoniana)

1.
Key Laboratory of Plant Resource Conservation and Germplasm Innovation in Mountainous Region(Ministry of Education), Institute of Agro-bioengineering and College of Life Sciences, Guizhou University, Guiyang 550025, Guizhou, China
2.
Research Center for Forest Resources and Environment of Guizhou Province, Guizhou University, Guiyang 550025, Guizhou, China
3.
Guangxi Academy of Forestry, Nanning 530000, Guangxi, China
CLC number: S791.248

摘要: [目的] 为了丰富马尾松遗传信息,开发更多适用于马尾松的新型分子标记。[方法] 依据马尾松Ty1-copia类型和Ty3-gypsy类型反转录转座子RT序列的保守区域设计引物,建立了马尾松IRAP-PCR技术体系并以12个基因型个体为材料进行验证。[结果] 42条引物中筛选出多态性丰富、重复性好的29条进行PCR扩增,共获得227条谱带,其中多态性条带207个,多态性比例为91.19%,平均观测等位基因数(Na)为1.9119±0.2841,有效等位基因数(Ne)为1.4680±0.2882,Nei's基因多样性指数(H)为0.2911±0.1449,Shannon's信息指数(I)为0.4472±0.1953;利用引物P-12、P-15或R-1,可以将栽培种与无性系两类区分开;P-2可作为核心引物,能将12份供试材料有效区分开来;采用IRAP标记构建了供试种质的DNA指纹图谱;供试种质的遗传相似系数为0.46~0.69,以相似系数为基础,进行UPGMA聚类分析,以0.57为阈值可将供试种质分为三类,其中无性系内不同材料间也存在较大的遗传变异。[结论] IRAP分子标记能有效地用于马尾松种质的鉴别与亲缘关系分析等相关研究。
- 反转录转座子
- / IRAP标记
- / 马尾松
- / 指纹图谱
- / 多态性
Abstract: [Objective] To develop new molecular markers suitable for Pinus massoniana.[Method] Based on the conservative region of RT (reverse transcriptase) sequences of Ty1-copia and Ty3-gypsy type retrotransposon, the IRAP-PCR system for P. massoniana was established and examined with 12 individuals.[Result] Of 42 IRAP primers, 29 gave stable and polymorphic amplification profiles, thus yielded 227 bands, among which 207 were polymorphic, accounting for 91.19% of the total. The average Observed Number of Alleles, Effective Number of Alleles, Nei's Genetic Diversity and Shannon Index of Diversity in the twelve P. massoniana gemplasms were 1.9119±0.2841, 1.4680±0.2882, 0.2911±0.1449 and 0.4472±0.1953, respectively. The cultivated types and clones could be effectively distinguished by primers P-12, P-15 or R-1, and all the genotypes might be clarified by P-2, which was labeled as the core primer for tested germplasms. The coefficient of the 12 germplasms ranged from 0.46 to 0.69, and with the threshold of 0.57, all the genotypes were grouped into three subclusters by the UPGMA.[Conclusion] The IRAP marker technology established may effectively facilitate the identification of genetic relationship in P. massoniana germplasms.
- Masson pine
- / Pinus massoniana
- / IRAP
- / retrotransposon
- / fingerprint

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