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红椿SSR-PCR体系建立和多态性引物筛选

湛欣 ,  鲁好君 ,  赵帅 ,  陈晓阳 ,  邓小梅

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文章导航 > 林业科学研究  > 2016 >  29(4): 565-570
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红椿SSR-PCR体系建立和多态性引物筛选

  • 1.

    华南农业大学 林学与风景园林学院/广东省森林植物种质创新与利用重点实验室, 广东 广州 510642

  • 基金项目:

    国家林业局公益性行业专项（201004020）。

  • 中图分类号: S792.99

Establishment and Primer Screening of SSR-PCR Reaction System for Toona ciliata

  • 1.

    College of Forestry and Landscape Architecture/Guangdong Key Laboratory for Innovative Development and Utilization of Forest Plant Germplasm, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, Guangdong, China

  • CLC number: S792.99

  • 摘要: ［目的］ 本研究旨在建立红椿SSR-PCR最佳反应体系，并筛选适于红椿SSR分析的高多态性引物。［方法］ 通过L16（45）正交试验设计，确立红椿SSR-PCR最佳反应体系；利用优化后的体系对来自楝科植物的135对SSR引物，在6个不同的红椿居群中进行扩增，筛出能有效扩增的引物并进一步筛选出适于红椿的高多态性引物。［结果］ （1）10 μL基于荧光dUTP的SSR-PCR体系中包含：10×buffer 1.0 μL，Taq 酶（5 U·μL-1） 0.1 μL， MgCl2（25 mmol·L-1）0.8 μL， dNTP （200 mmol·L-1）0.025 μL，荧光 dUTP（1 nmol·μL-1）0.01 μL，引物（10 mmol·L-1） 0.8 μL，DNA模板45 ng剩余用ddH2O补足；（2）筛选出29对能有效扩增的引物，复选后获得了12对适于红椿SSR分析的高多态性引物。［结论］ 建立了SSR-PCR最佳反应体系并筛选出高多态性引物，为红椿的分子标记等遗传学研究提供了基础。
    Abstract: [Objective] To establish SSR-PCR reaction system, and screen high polymorphism primers for SSR analysis of Toona ciliata. [Method] The orthogonal design was employed to obtain the optimal SSR-PCR system of T. ciliate. Using optimized system of SSR-PCR, 135 pairs of SSR primers from Meliaceae plants were amplificated in six populations. [Result] The optimal 10 μL reaction system contained 1.5 μL 30 ng·μL-1Template DNA, 0.8 μL 10 umol·L-1 primers,0.025 μL 10 mol·L-1 dNTPs, 0.8 μL 25mol·L-1 Mg2+, 0.1 μL 5 U·μL-1 taq DNA polymerase, 0.01μL 1 mol·L-1 F-dUTP, 1μL 10× PCR buffer (Mg2+free) and 5.765 μL ddH2O. 12 primers with high polymorphism were selected among 29 primer combinations. [Conclusion] The optimal reaction system of SSR-PCR were established and high polymorphism primers were selected, which could be used in analysis of fingerprinting genetic diversity, molecular breeding and variety identification in T. ciliate.
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出版历程
  • 收稿日期:  2015-07-06

红椿SSR-PCR体系建立和多态性引物筛选

  • 1. 华南农业大学 林学与风景园林学院/广东省森林植物种质创新与利用重点实验室, 广东 广州 510642
  • 收稿日期: 2015-07-06
基金项目:  国家林业局公益性行业专项（201004020）。

摘要: ［目的］ 本研究旨在建立红椿SSR-PCR最佳反应体系，并筛选适于红椿SSR分析的高多态性引物。［方法］ 通过L16（45）正交试验设计，确立红椿SSR-PCR最佳反应体系；利用优化后的体系对来自楝科植物的135对SSR引物，在6个不同的红椿居群中进行扩增，筛出能有效扩增的引物并进一步筛选出适于红椿的高多态性引物。［结果］ （1）10 μL基于荧光dUTP的SSR-PCR体系中包含：10×buffer 1.0 μL，Taq 酶（5 U·μL-1） 0.1 μL， MgCl2（25 mmol·L-1）0.8 μL， dNTP （200 mmol·L-1）0.025 μL，荧光 dUTP（1 nmol·μL-1）0.01 μL，引物（10 mmol·L-1） 0.8 μL，DNA模板45 ng剩余用ddH2O补足；（2）筛选出29对能有效扩增的引物，复选后获得了12对适于红椿SSR分析的高多态性引物。［结论］ 建立了SSR-PCR最佳反应体系并筛选出高多态性引物，为红椿的分子标记等遗传学研究提供了基础。

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